La vida de Marlowe es una de las más conocidas de los dramaturgos isabelinos desde que en 1925 Leslie Hotson descubrió la indagación legal producida poco antes de su muerte. Su nombre aparece entre la vida académica de la época pero también en el servicio secreto y en los archivos de la policía. Marlowe fue lo que ahora llamaríamos un espía y parece haber vivido peligrosamente. En setiembre de 1589 fue encarcelado en la prisión de Newgate por haber tomado parte en una pelea callejera en la que hubo un asesinato y apareció junto con Thomas Watson, poeta y dramaturgo, en un juicio del que fue liberado con la advertencia de mantener buena conducta. Tres años después fue amonestado por atacar o insultar a unos comisarios. Finalmente, en 1593, fue acusado luego de que Thomas Kyd declaró que unos papeles, de carácter ateo y blasfemo, que se le atribuían, pertenecían en realidad a Marlowe, con quien compartía el domicilio. Marlowe nunca fue juzgado ya que doce días después de haber sido llamado a declarar fue asesinado en una taberna de Depford. Su muerte fue celebrada por los panfletistas puritanos como un castigo divino.
En vida de Marlowe solo se publicaron las partes primera y segunda de Tamburlaine que aparecieron anónimas en 1590. Después de su muerte apareció su Edward the Second (1594). Se conjetura que La masacre de París se publicó en 1600. The Tragical History of Doctor Faustus se publicó en 1604 y, en 1616, en una segunda edición más extensa pero seguramente contaminada. The Tragedy of the Jew of Malta se publicó en 1632.
Marlowe posee también, a pesar de su corta obra, un lugar eminente en la poesía inglesa. En primer lugar, por su inconcluso poema narrativo Hero and Leander publicado en forma póstuma en 1598. Es autor también de un poema muy famoso de la lírica inglesa de todos los tiempos, "El pastor apasionado a su bienamada".