Los problemas que enfrenta al monitoreador así como el colector de organismos indicadores de la calidad del agua son de diversa índole, desde elegir el material para muestrear agua y especímenes, hasta su identificación in situ o en el laboratorio. Muchos de los problemas en la interpretación de los resultados tanto en el ámbito biótico como abiótico parten de una mala elección del equipo y materiales de colecta, así como del manejo de las muestras y su transporte al laboratorio; también depende de qué elementos ambientales deben de registrarse y que influyen en las características y composición del agua y, en consecuencia, en los organismos. Para cada grupo de organismos -incluso para el análisis de agua- el equipo, los materiales, los registros ambientales y su integración para la interpretación, varían; por ello, es necesario contar con manuales generales o individuales que respondan a los diversos grupos de bioindicadores, ya que cada uno de éstos tiene necesidades específicas.