Según la orden del 16 de diciembre de 1942, todos los gitanos pertenecientes a los territorios conquistados por los nazis deben ser encerrados en campos de concentración.

Un grupo de policías irrume en casa de Helen Hanneman para llevarse a su esposo y a sus cinco hijos, pero ella como ciudadana alemana no tiene que acompañarlos. Sin embargo, Helene decide compartir el destino de su familia. Tras convencer a sus hijos que van de vacaciones, toda la familia es deportada a Auschwitz.

Entre los documentos del doctor Mengele, se encuentra un diario, el cual Helene describe los horribles sucesos que sufrió durante los dieciséis meses de su estadía en el campo gitanode Birkenau Auschwitz II, Sector BII E y cómo, en medio del terror nazi, lideró una guardería y ayudó a sobrevivir a más de una centenas de niños.

Canción de cuna de Auschwitz rescata del olviso el relato conmovedor de una madre y sus hijos que luchan por sobrevivir en el mayor campo de extermino de la historia.