Doña Perfecta es una novela sobre la intransigencia religiosa en la España del siglo XIX. Esta obra define a Benito Pérez Galdós como un escritor liberal, quien con su pluma señala al culpable de los males de su patria: la facción tradicionalista, cerrada al futuro, apegada a la letra, muerta para el verdadero espíritu cristiano; la que adopta por suyo el lema de dividir para reinar; que propicia la ignorancia popular, el caciquismo y la violencia en nombre de la pureza de la fe. Una dualidad de toda la historia: la estrechez de las ideas contra la tolerancia y el progreso.
Ya en Misericordia concilia ese dualismo y concibe al dolor y a la injusticia como inevitables en la vida humana, cuyo único alivio es el amor al prójimo, la caridad. Proclama un cristianismo en toda la pureza que él imaginaba debía tener, omitiendo los principios eclesiásticos